Розточчя – це крайній відріг Подільської височини, що являє собою горбисту гряду асиметричної форми: її максимальні висоти (360-390 м) зосередженні вздовж північно-східного краю, який різко піднімається 80-100 метровим уступом над прилеглою рівниною Малого Полісся. Розточчя займає частину Головного Європейського вододілу, саме тут беруть початок річки що формують басейни Чорного і Балтійського морів. Рельєф території заповідника визначається її положенням на стику великих геоморфологічних областей, складною геологічною будовою а також тривалою історією континентального розвитку.

     За фізико-географічним районуванням Розточчя належить до Розтоцько-Опільської горбогірної області Західно-Української лісостепової провінції Лісостепової зони. За геоботанічним районуванням територія заповідника належить до Розтоцького геоботанічного округу широколистяних лісів Балтійської провінції Європейської широколистяної області. Відповідно до зоогеографічного районування – це Дністровсько-Дніпровська правобережна ділянка Східно-Європейського округу, район мішаного та листяного лісу і лісостепу Західноєвропейської підпровінції, Бореально-Європейсько-Сибірської підобласті, Палеарктичної області.